距離の最小値っていくつ？

距離の最小値はゼロでしょ。
つまり二つの点が接触しているという状態。
当然原子よりもクォークよりも寸法としては小さい。
何故なら物質はサイズゼロと言う事は物理的にあり得ないから。

そもそも、何が疑問なのかが感覚的に理解出来ない。

「空間(距離)」という物質があるという風に理解しているのだろうか？

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